کافئین به طور متوسط 1.2% از وزن کل دانه‌ی سبز قهوه‌ی رست‌نشده‌ی عربیکا را تشکیل می‌دهد و طعم آن تلخ است. کافئین در فرآیند رست به شدت مقاوم است و به کمترین میزان ممکن تجزیه می‌شود.

«در رست مقدار ناچیزی از کافئین از دست می‌رود.»

بنابراین اگر کاهش وزن معمولی در فرآیند رست برای قهوه‌ی اسپشالتی حدود 14% باشد، به این معناست که بسیاری از مواد علاوه بر از دست دادن رطوبت، در حال تجزیه هم هستند؛ در حالی که کافئین پایدارتر باقی می‌‌ماند. پس هر چه فرایند رست ادامه پیدا کند، درصد وزنی کافئین بیشتر خواهد شد. این همچنین به این معناست که در رست‌های تیره‌تر قهوه، زمانی که مواد شیمیایی تجزیه و آب تبخیر شده است، کافئین درصد بیشتری از وزن هر دانه را تشکیل خواهد داد.

برخلاف تصور از تلخی شناخته‌شده‌ی کافئین، معمولاً کافئین مسئول کمتر از 10% تلخی قهوه است. قهوه‌ی بدون کافئین هنوز تلخ است. اضافه کردن کافئین به قهوه‌ی بدون کافئین درک مصرف‌کننده از قهوه را تغییر نمی‌دهد، بنابراین ترکیبات دیگری در ایجاد تلخی قهوه اهمیت دارند.

تریگونلین (Trigonelline)از نظر دسته‌بندی مواد شیمیایی، مانند کافئین، یک آلکالوئید است. در زیست‌شناسی گیاهی، گیاهان اغلب از آلکالوئیدها به عنوان یک آفت‌کش طبیعی استفاده می‌کنند. این ماده‌ی شیمیایی تقریباً به اندازه‌ی کافئین در قهوه‌ی سبز فراوان است، به طور متوسط فقط 1% کمتر، اما جرم نهایی آن در فنجان با رست کمتر می‌شود (شکل 3.1). تریگونلین بسیاری از مواد آروماتیک با طعم‌های مثبت مانند پیرازین (pyrazine)، فوران‌ها (furans)، آلکیل پیریدین‌ها (alkyl-pyridines) و پیرول‌ها (pyrroles) را تولید می‌کند و در عین حال ایجاد تلخی می‌کند. نیاسین (niacin) را هم شکل می‌دهد که یک ویتامین B3 مهم مربوط به رژیم غذایی است. در حالی که طعم تلخ تریگونلین‌ها به‌خوبی نمایان می‌شود اما همچنان تنها بخش کوچکی از تلخی قهوه را به دوش می‌کشد، به اندازه‌ی %1.

راسید کلروژنیک که به نام‌های کوینید (quinides) و فنیلیدان (phenylindanes) نیز شناخته می‌شوند.

تلخی در رست متوسط (مدیوم)‌

 شکل بالا دو درجه‌ی رست متفاوت را نشان می‌دهد. سمت چپ خیلی روشن است و سمت راست کمی تیره‌تر.

در یک قهوه با رست متوسط (مدیوم) کلید تلخی دلپذیر موردانتظار در قهوه در دست کوینیدها است. مانند اسیدهای کلروژنیک که از آن‌ها مشتق شده‌اند، این‌ها گروه بزرگی از مولکول‌های مرتبط هستند که زمانی تشکیل می‌شوند که قسمت اسید کوئینیک در CGA تحت لاکتونیزه‌شدن قرار می‌گیرد و با خود واکنش می‌دهد تا ساختار حلقه‌ی ثانویه را تشکیل دهد.

تعدادی از کوینیدها با اولترافیلتراسیون از قهوه‌ی دمی جدا می‌شوند و به‌تدریج مولکول‌های بزرگتر را خارج می‌کنند و مشخص می‌شود که کدام قسمت‌ها قوی‌ترین تلخی را دارند.

تلخی در رست تیره 

فنیلیندان‌ها وقتی قهوه رست تیره‌تری دارد از تجزیه‌ی اسید کافئیک، که خود از تجزیه‌ی CGA به اسیدهای کوئینیک و کافئیک تشکیل می‌شود، تشکیل می‌شوند. اسید کافئیک با حرارت دادن به مولکول‌های 4- وینیل کاتکول (4-vinylcatechol) تجزیه می‌شود، که سپس به صورت حلقه‌های کوچک به هم می‌پیوندند و خانواده‌ای از مولکول‌ها به نام فنیلیندان را به وجود می‌آورند. این ترکیب‌ها که جداگانه مزه می‌شوند، طعم تلخی طولانی و خشنی دارند که یادآور قهوه‌ی اسپرسو هستند و این طور به نظر می‌رسد که در افزایش تلخی قهوه با رست تیره نقش دارد.

این ترکیب‌ها همچنین در آب بسیار آهسته‌تر از کوینیدها عصاره‌گیری می‌شوند که به نوبه‌ی خود کندتر از CGA اصلی استخراج می‌شوند که نشان می‌دهد کنترل عصاره‌گیری می‌تواند تعیین کند که چه مقدار از این ترکیب‌های به‌شدت تلخ دم‌آوری شوند.

کوئینیک اسید طعم تلخ و آسپیرین مانندی دارد و به اسیدیته و گسی قهوه کمک می‌کند. فرآیند رست، اسید کوئینیک را در دانه‌های قهوه افزایش می‌دهد. به خاطر تشابه اسمی، اسید کوئینیک اغلب با کوینین (quinine)، ترکیب تلخی که مسئول طعم آب تونیک (tonic water) است، اشتباه گرفته می‌شود. این دو در واقع مولکول‌های نامرتبطی هستند اما نام مشابهی دارند چون هر دو در اصل از پوست درخت چینچونا به دست آمده‌اند.